Unweit der Saalegrenze und im Bereich bedeutender Heeresstraßen gelegen, bot die Burg an drei Seiten Schutz gegen Angriffe. Von Süden war ein ebener Zugang gewährleistet. Genaue Daten über das Entstehen der Burganlage sind nicht bekannt. Es wird angenommen, dass die Apoldaer Burg etwa zur gleichen Zeit erbaut wurde wie die Wartburg bei Eisenach.

Diese Vermutung basiert darauf, dass Graf Wichmann, vermählt mit Kunigunde, einer Tochter Ludwig des Springers, von seinem Vater Berno Burg Apolda und Grafschaft übernommen hatte. Graf Wichmann soll u.a. "in den damaligen Wirren zwischen dem deutschen Kaiser Heinrich V. und dem Sachsenvolke" eine wichtige Rolle gespielt haben. Im 16. und 17. Jahrhundert erfolgten bauliche Veränderungen der Burganlage.

Aus jener Zeit stammt auch der heute noch erhaltene "Vitzthumbau", in dem derzeit ein Teil der Stadtverwaltung untergebracht ist. Im Obergeschoss des "Südwestbaues", errichtet im 19. Jahrhundert und 1999 saniert, befindet aufgrund der anstehenden Sanierung des Stadthauses voraussichtlich ab April 2023 dort das Bürgerbüro. In den vergangenen Jahren wurde der Saal im Vitzthumbau für Konzerte, Lesungen, Kabarett und ähnlichen Veranstaltungen genutzt.

Der Nordflügel des Apoldaer Schlosses wurde bis 2008 komplett saniert.

Hier ist nun im Erdgeschoss das Standesamt mit einem großen Trausaal untergebracht. Im Obergeschoss sind neue Büroräume für das Standesamt entstanden.